Kompleks klasztorny pochodzi z XVII i XVIII w., natomiast historia samego kościoła i pobytu Franciszkanów (dawniej zwanych Minorytami) sięga 1264 r., kiedy to z Czech do miasta sprowadzeni zostali przez Władysława - księcia opolskiego Franciszkanie. Aż do II połowy XVII w klasztor tutejszy należał do czesko-polskiej prowincji; później dopiero włączono go do prowincji austriackiej. W1428 r. za panowania Bolka V, kościół i klasztor zostały zniszczone przez husytów, a minoryci zostali wypędzeni do Bytomia i Koźla. Powrócili ok. 1480 r. i odbudowali kościół i klasztor. W okresie reformacji, w 1565 r.część zakonników przeszła na protestantyzm, a pozostałych wypędzono. Budynek klasztorny sprzedano szlacheckiej rodzinie Schweinochów, kościół zaś oddano w użytkowanie gminie ewangelickiej. Dopiero w 1620 r. Jerzy III von Oppersdorff odkupił klasztor, majątki i przekazał je Franciszkanom. W czasie wielce niesprzyjającym, bo w okresie wojny trzydziestoletniej, hr. Jerzy III podejmuje dalszą rozbudowę kościoła i klasztoru: dobudowa wieży, budowa Domku Loretańskiego w 1630 r., budowa kaplicy św. Antoniego w 1651 r. W 1765 r. pożar miasta dotknął również ten kompleks. W 1811 r. po kasacji, ostatni zakonnicy opuścili klasztor, w którym w latach 1818 - 1872 mieściło się seminarium nauczycielskie. Później budynki sprzedano rodzinie Oppersdorffów. Po ostatniej wojnie światowej Franciszkanie powrócili do Głogówka. Udostępniono im jedno skrzydło klasztoru, pozostałą część zwrócono w latach osiemdziesiątych.
